Мұғалжар ауылы тұрғындарының балаларын оқытатын мектеп мәселесі Қазан төңкерісінен кейін қолға алынған. ХV ғасырдың 20-жылдарының орта кезінде орыс бастауыш мектебі болды. 1963 жылы 1 қыркүйектен бастап бұрынғы орыс бастауыш мектебінің негізінде 8 жылдық қазақ мектебі ашылды. Мектеп басшысы болып Қалықбергенов Қазыбек Ниетқалиұлы тағайындалды. Негізгі базалық мектепте алғашқыда үш бөлме ғана болған. 1963 жылдың 5 қыркүйегінде мектепте 129 оқушы, 13 мұғалім болды. Оқушыларды сыныпқа бөлгенде: 1-ші қазақ сыныбында 25 оқушы, 2-ші қазақ сыныбында 24 оқушы, 3-ші қазақ сыныбында 18 оқушы. 4-ші қазақ сыныбында 21 оқушы, 1-4 орын сыныбында 7 оқушы, 5-ші қазақ сыныбында 12 оқушы, 6-шы қазақ сыныбында 9 оқушы, 7-ші қазақ сыныбында 13 оқушы оқыды.
Мұғалжар сегізжылдық мектебін орта мектепке айналдыру жөніндегі Мұғалжар аудандық атқару комитетінің №64 шешімі 1973 жылдың 15-наурызында шықты. Осылайша 1973-1974 оқу жылынан бастап заңды түрде Мұғалжар орта мектебі болып аталды. Стандартты мектеп салу жұмысы да басталып, іргетасы қалана бастады. Бұл кезеңдегі Мұғалжар орта мектебі 468 орындық мектеп 12 сынып жиынтығына арналып 1976 жылы тамыз айының аяғында ашылды.
1976 жылы қазан айының ортасында ауданда алғашқы болып жаңа үлгіде салынған мектеп үйіне көшірілді.
1963-1964 оқу жылы - сегіз жылдық мектептің бірінші жұмыс жылы;
1973-1974 оқу жылы - сегіз жылдық мектептің орта мектепке айналған жылы;
1994-1995 оқу жылы – педагогикалық кадрдың көбейген жылы.
1976 жылдан «ұзартылған күн мектебі» тәрбиешілерінің бірлестігі жұмыс істеді.
1984 жылдан бастап «Бірыңғай педагогикалық оқу» орнына пәндік бірлестіктер құрылды. Бұл жылдары пәндер бойынша мұғалімдер саны аздық еткендіктен мектеп басшылығы әдістемелік бірлестіктерді цикл бойынша ұйымдастыру тәжірибесін ортаға салды. Ұстаздар толық келісімге келгеннен кейін әдістемелік бірлестіктер төмендегіше құрылды:
- Гуманитарлық цикл бойынша.
- Политехникалық цикл бойынша.
- Сынып жетекшілері мен ұзартылған топ тәрбиешілерінің әдістемелік бірлестігі.
- Бастауыш сынып мұғалімдерінің әдістемелік бірлестігі.
Мұндай бірлестіктердің тиімділігі мұғалімдердің санының артуында ғана емес, кең көлемде әдістеме мәселелерін талқылап, ортақ мақсат қоя білетіндігінде.
Мектеп ұстаздары әдістемелік бірлестіктер жұмысына ынталы қатысумен бірге, аудандық түрлі конференциялар мен педагогикалық оқуларда да белсенділік көрсетіп, облыс көлемінде Ақтөбеде өткізілген ғылыми-практикалық конференцияларда баяндама жасап тұрды. Олардың ішінде 1973 жылы Қ. Қалықбергеновтың «Өлкетану материалдарын 7-8 сыныптардың тарих сабақтарында пайдаланудың негізгі әдістері мен тәсілдері», 1985 жылы Қуанышеваның «География сабағында сыныптан тыс жүргізілетін жұмыстар» және 1991 жылы Б.Бозанованың «1-ші сыныпта 10-ға дейінгі сандарды оқыту тәжірибесі туралы» сырттай оқитын студенттерге берген сабағы ерекше аталып өтілмек. Соңғы екекі облыстық білім басқармасының Құрмет грамотасымен марапатталса, алғашқысы сол кезде облыстық «Социалистік жол» газетінің бетінен орын алды.
Қалықбергенов Қазыбек Ниетқалиұлынан соң мектеп басшылығына Төлемісов Дәуір Панғалиұлы, Сейітов Рүстембек Қалиұлы, Медеуов Нұрлан Бекболатұлы, Кулумшин Естібай Өмірбайұлы, Жиенбаева Фарида Кенжеғалиқызы сынды басшылар келді.
Қалықбергенов Қазыбек Ниетқалиұлы мектепті 1963-1995 жылдар аралығында басқарса, Төлемісов Дәуір Панғалиұлы 1995-2009 жылдары, Сейітов Рүстембек Қалиұлы 2009-2015 жылдары, Медеуов Нұрлан Бекболатұлы 2015-2019, Кулумшин Естібай Өмірбайұлы 2019-2023 жылдары басқарды. Жиенбаева Фарида Кенжеғалиқызы 2023 жылы мектеп директоры болып тағайындалды.
